用于有机合成及染料、药物的中间体，硫化剂、促进剂，并用于绝缘油的制造。可用于燃料热值测定，可配制粉末灭火剂，还可作为光降解塑料添加剂

在药渡数据库中，以三氟甲基进行子结构搜索，共得到药物数据562条，其中上市药物76条。肿瘤和感染性疾病仍然是热门领域，心脑血管疾病、神经系统疾病、精神障碍以及内分泌和代谢疾病的药物也占据相当的比例，消化系统疾病、泌尿生殖系统疾病、肌肉骨骼和结缔组织疾病、眼病疾病和皮肤病等在三氟甲基药物中属于次要领域。而按照靶点来进行分析，环氧化酶（COXs）、多巴胺受体（DRDs）、雄激素受体（AR）、表皮生长因子（EGFR）、神经激肽1受体（NK1R）等具有较强的代表性。